Геронтологический центр "Бештау" включает в себя следующие структурные подразделения, которые отвечают его предмету и целям деятельности: отделение социальной адаптации; отделение социальной реабилитации; геронтологическое отделение; геронтопсихиатрическое отделение. отделение «Милосердие»; организационно-методическое отделение; социально-медицинское отделение.